Описание

Настольный интегрированный инструмент для NGS, включающий в одном приборе блоки для подготовки образцов (образования кластеров), секвенирования и обработки данных и интерфейс для управления.

Принцип секвенирования основан на технологии Solexa, включающей обогащение методом bridge-ПЦР на проточном чипе, секвенирование методом синтеза (SBS) с использованием флуоресцентно-меченных нуклеотидов и детекцию света флуоресценции от кластеров ДНК.

Основные применения:

• ресеквенирование ампликоновых библиотек;
• проверка результатов клонирования и генной модификации;
• мультиплексное высокопроизводительное секвенирование малых геномов (например, микроорганизмов);
• таргетное высокопроизводительное секвенирование геномов для анализа генетически-ассоциированных болезней;
• поиск мутаций;
• HLA-типирование;
• секвенирование малых РНК;
• эпигенетические исследования, анализ профиля метилирования;
• целевое ресеквенирование и секвенирование de novo и т. д.

Технические характеристики

• Суммарная производительность, п.н. при длине чтения, п.н. за время запуска:
• — от 540 до 610×10⁶ при 1×36 за 4 ч.;
  — от 750 до 850×10⁶ при 2×25 за 5,5 ч.;
  — от 3,0 до 3,4×10⁹ при 2×100 за 16,5 ч.;
  — от 4,5 до 5,1×10⁹ при 2×150 за 24 ч;
  — от 7,5 до 8,5×10⁹ при 2×250 за 39 ч;
  — к концу 2013 года, после выхода обновления прибора, химии и ПО, ожидается увеличение до 15×10⁹ при 2×300 за 50 ч;
• максимальная длина чтения (одноконцевого / парноконцевого), нуклеотидов — 250/500;
• стандартные длины считываемых фрагментов ДНК при чтении с обоих концов: 2×25, 2×50, 2×75, 2×100, 2×150, 2×250;
• количество успешных прочтений за запуск:
• — от 12 до 15×10⁶ для одноконцевых чтений в н. в., к концу 2013 г — от 22 до 2×10⁶;
  — от 24 до 30×10⁶ для парных прочтений в н. в., к концу 2013 г — от 44 до 50×10⁶;
• процент оснований в каждом прочтении, точность чтения для которых превышает 99,9 % (Q30) при длине чтения, п.н.:
• — 90 % при 1×36;
  — 90 % при 2×25;
  — 85 % при 2×100;
  — 80 % при 2×150;
  — 70 % при 2×250;
  — 70 % при ожидающейся к концу 2013 года длине чтения 2×300;
• возможности мультиплексирования за счет смешивания образцов в одной пробе — до 96 с помощью комбинации мультиплексных идентификаторов с каждого конца при парно-концевых чтениях (8×12);
• реагенты TruSeq реализуют метод обратимого терминального включения флуоресцентно-меченного основания, позволяют детектировать сигнал от отдельного нуклеотида, после чего терминатор удаляется;
• для приготовления shotgun-библиотек имеется специально разработанный набор реагентов Nextera для фрагментирования ДНК на основе фермента транспозазы;
• метод пробоподготовки и проведения клональной амплификации — с ипользованием эмульсионной ПЦР или без использования эмульсионной ПЦР (на выбор);
• необходимое количество ДНК образца для секвенирования — 50 нг (реагенты Nextera) / от 100 нг до 1 мкг (реагенты TruSeq) / от 1 нг геномной ДНК;
• количество различных ампликонов, анализируемых за один запуск прибора — до 36’000;
• обработка полученных данных осуществляется первоначально непосредственно ПО прибора и занимает от 2 ч (парно-концевые чтения 2×250) до 24 ч (метагеномный анализ по 16S РНК), после чего биоинформатическая обработка данных может осуществляться с помощью бесплатного защищенного облачного сервиса BaseSpace (порядка 8 ч), для которого требуется только доступ в Интернет.